Конкретные рекомендации сильно зависят от того, на какой стадии вы в данный момент находитесь.
Лучше всего, конечно, сразу же предусмотреть в договоре пункты о том, что вы не несёте ответственность за простои, которые, например, возникли по вине станции, по причине конвенций или логистических запретов и так далее.
Если речь идёт про момент фактического возникновения простоев, важно письменно фиксировать все претензии оператору, оформить акты ГУ-23, получить накладные с датами прихода и ухода, ведомости подачи и уборки вагонов, сделать скрины в ЭТРАН.
Если речь идёт уже про судебный порядок, то важно занять активную позицию, предоставить доказательства необоснованного начисления штрафов, вины Взыскателя, в раде случаев истребовать сведения у ОАО РЖД.